Amarraのサポート(sonicstudio)に、「24bit/44.1kHzのファイルをiTunesから再生すると、16bitに切り捨てられて再生する」というレポートを送ったところ、テクニカルサービスのDietrickさんからFix版のVer.2.0.2が送られてきました。
早速24bit/44.1kHzの1kHz正弦波を再生して確かめたところ、iTunes単独で再生した場合と同じく、(おそらく)Bit perfectとなりました。(上：Amarra JR経由, 下：iTunes単独)
これでAmarra JRを使用する上での問題はなくなりました。ただ、スペクトラムをみる限り、iTunes単独でもBit Perfectだと思われますので、自分的にはAmarra JRの”Flac2AIFF”コンバータ機能あたりにしか魅力はなくなってしまいましたが・・・・。